Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Krakowie-Łagiewnikach pamięta o zmarłym papieżu Benedykcie XVI. Gdy dotarła do nas informacja o Jego odejściu do Domu Ojca, rozbrzmiał nasz łagiewnicki dzwon. Nasze Sanktuarium w sposób szczególny dziękuje Mu za Jego pielgrzymowanie do Łagiewnik i spotkanie z chorymi w Bazylice Bożego Miłosierdzia.

27 maja 2006 roku Sanktuarium Bożego Miłosierdzia nawiedził papież Benedykt XVI. Ojciec Święty modlił się przed łaskami słynącym obrazem Jezusa Miłosiernego i przy grobie św. Siostry Faustyny. W Bazylice spotkał się z osobami chorymi, niepełnosprawnymi ich opiekunami oraz apostołami Bożego Miłosierdzia. Kilka chwil spędził także na modlitwie w Kaplicy Wieczystej Adoracji, gdzie wpisał się do naszej pamiątkowej księgi:

„Niech Bóg, który jest Miłością, napełnia serca przybywających tu Pielgrzymów darami swego Miłosierdzia, umacnia swoją wolą, by mogli trwać w prawdziwej wierze oraz przynosić owoce prawdy, miłości i pokoju we współczesnym świecie".

Zwracając się do zebranych w Bazylice Bożego Miłosierdzia Pielgrzymów Benedykt XVI powiedział wówczas:

Umiłowani Bracia i Siostry! Cieszę się, że mogę się z wami spotkać przy okazji mojej wizyty w tym sanktuarium Bożego Miłosierdzia. Z serca pozdrawiam was wszystkich: chorych, opiekunów, kapłanów, którzy w tym sanktuarium prowadzą pracę duszpasterską, siostry Matki Bożej Miłosierdzia, członków „Faustinum" i wszystkich tu obecnych. W tej okoliczności stajemy przed dwiema tajemnicami: tajemnicą ludzkiego cierpienia i tajemnicą Bożego miłosierdzia. Na pierwszy rzut oka te dwie tajemnice wydają się sobie przeciwstawiać. Kiedy jednak staramy się je zgłębić w świetle wiary, widzimy, że istnieje pomiędzy nimi harmonia, dzięki tajemnicy krzyża Chrystusa. Jak powiedział Jan Paweł II, krzyż „stanowi najgłębsze pochylenie się Bóstwa nad człowiekiem [...]. Krzyż stanowi jakby dotknięcie odwieczną miłością najboleśniejszych ran ziemskiej egzystencji człowieka" (17.08.2002).

Wy, drodzy chorzy, naznaczeni cierpieniem ciała i ducha, jesteście najbardziej zjednoczeni z krzyżem Chrystusa, a równocześnie jesteście najbardziej wymownymi świadkami miłosierdzia Bożego. Dzięki wam, przez wasze cierpienie On z miłością pochyla się nad ludzkością. To wy, mówiąc w zaciszu serca: „Jezu, ufam Tobie", uczycie nas, że nie ma innej głębszej wiary, innej, żywszej nadziei, innej gorętszej miłości od tej, jaką żywi człowiek, który w nieszczęściu zawierza siebie pewnym dłoniom Boga. A ręce ludzi, którzy wam pomagają w imię miłosierdzia, niech będą przedłużeniem tych Bożych dłoni. Bardzo chciałbym przytulić każdego i każdą z was. Choć w praktyce nie jest to możliwe, w duchu przytulam was do serca, i udzielam wam mojego Apostolskiego Błogosławieństwa, w imię Ojca i Syna, i Ducha Świętego.